Maestría Oficial en Bioinformática

Currículum Vitae

Currículum Vitae

Nombre y Apellidos: Paula Soler Vila. 

Asignaturas:  

Master Universitario en Bioinformática.

• Programación con Shell Scripting  
• Análisis transcriptómicos de la expresión génica  
• Sistemas Operativos Linux  

Máster Universitario en Ingeniería Biomédica.

• Bioinformática y Biología Computacional  
• Fundamentos de Bioquímica  

Titulación, institución y año de finalización:  

• Licenciada en Farmacia, Universidad de Valencia, 2012. 
• Máster Universitario en Bioinformática, Universidad de Valencia, 2014. 
• Doctora en Biomedicina, Universidad Pompeu Fabra, 2020. 

Acreditado, agencia y año:  Profesora Contratada Doctora / Profesora de Universidad Privada, ANECA, 2025

Experiencia Profesional:  

• Profesora Asociada –Universidad Internacional de Valencia (VIU) (2022 – actualidad)
  ◦    Docente en el Máster Universitario en Bioinformática y en el Máster Universitario en Ingeniería Biomédica.
  ◦    Diseño de actividades innovadoras basadas en retos y gamificación en entornos virtuales.
  ◦    Evaluación y supervisión de Trabajos Fin de Máster en Bioinformática, Ingeniería Biomédica, Epidemiología y Salud Pública, y Nutrición.
• Investigadora Postdoctoral – Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer (IDIBAPS) (2020 - 2022)
  o    Análisis bioinformático de datos de célula única para caracterizar la estructura de la cromatina y la regulación génica en enfermedades inmunológicas y neoplásicas.
  o    Contribución al desarrollo del primer atlas celular humano de las amígdalas.
  o    Evaluación de metodologías experimentales y computacionales para el estudio de la accesibilidad de la cromatina.

• Investigadora Predoctoral – Centro Nacional de Análisis Genómico / Centro de Regulación Genómica (CNAG/CRG)  (2015 - 2019)

  o    Investigación sobre la organización tridimensional del genoma y su impacto en la regulación génica.
  o    Desarrollo de metodologías bioinformáticas para el análisis de datos de captura de conformación cromosómica.
  o    Colaboración en estudios sobre la arquitectura nuclear de células B durante su diferenciación y transformación neoplásica.

• Investigadora en Formación de Máster – Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV-CSIC) (2013 - 2014)

o    Análisis, modelado y simulación de estructuras proteicas mediante herramientas bioinformáticas avanzadas.

Líneas de Investigación:  

• Genómica estructural y organización del genoma: estudio de la arquitectura tridi-mensional de la cromatina y su relación con la regulación génica.
• Accesibilidad de la cromatina y regulación de la expresión génica: análisis epigené-tico en procesos de diferenciación celular y enfermedades inmunológicas.
• Bioinformática y Análisis multi-Ómico: Integración y benchmarking de datos genómi-cos y transcriptómicos a gran escala.

Publicaciones relevantes:  

1.    Soler-Vila, P., Cusco, P., Farabella, I., Di Stefano, M., & Marti-Renom, M. A. (2020). Hierarchical chromatin organization detected by TADpole. Nucleic acids research, 48(7), e39. DOI: 10.1093/nar/gkaa087
2.    Farabella, I., Di Stefano, M., Soler-Vila, P., Marti-Marimon, M., & Marti-Renom, M. A. (2021). Three-dimensional genome organization via triplex-forming RNAs. Nature Struc-tural & Molecular Biology, 28(11), 945-954. DOI: 10.1038/s41594-021-00678-3.
3.    Vilarrasa-Blasi, R., Soler-Vila, P., Verdaguer-Dot, N., Russiñol, N., Di Stefano, M., Chapaprieta, V., ... & Martin-Subero, J. I. (2021). Dynamics of genome architecture and chromatin function during human B cell differentiation and neoplastic transfor-mation. Nature communications, 12(1), 651. DOI: 10.1038/s41467-020-20849-y
4.    De Rop, F. V., Hulselmans, G., Flerin, C., Soler-Vila, P., Rafels, A., Christiaens, V., ... & Heyn, H. (2024). Systematic benchmarking of single-cell ATAC-sequencing proto-cols. Nature biotechnology, 42(6), 916-926. DOI: 10.1038/s41587-023-01881-x
5.    Massoni-Badosa, R., Aguilar-Fernández, S., Nieto, J. C., Soler-Vila, P., Elosua-Bayes, M., Marchese, D., ... & Heyn, H. (2024). An atlas of cells in the human ton-sil. Immunity, 57(2), 379-399. DOI: 10.1016/j.immuni.2024.01.006

Otros méritos:  

• Premios y Reconocimientos:  

• Premio a la Mejor Docente de Máster, Universidad Internacional de Valencia (2022/2023). 

• Proyectos competitivos: 

• Evaluation of the Immunonutritional Response to an Innovative Food to Improve the Immune System, Universidad Internacional de Valencia (2024-2025). 

• Estancias de investigación: 

• Estancia doctoral en Harvard Medical School (Departamento de Genética), Boston (EE.UU.),  2018. 

Categoría docente: Nivel IV, según el VIII Convenio Colectivo Nacional de Universidades Privadas, Centros Universitarios Privados y Centros de Formación de Postgraduados.

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Currículum Vitae

Nombre y Apellidos: Adriana Mena Romero

Titulación, institución y año de finalización:  

• Licenciada en Biología por la Universidad de Valencia en 2003
• Máster en Investigación en Biología molecular, Celular y Genética (especialidad en genética) en 2010
• Doctora en Biomedicina y Biotecnología con mención Cum Laude por la Universidad de Valencia con la tesis:  "Genome diversity in Torulaspora microellipsoides and its contribution to the evolution of the Saccharomyces genus" en el año 2018
   

Experiencia Profesional:  

• Profesora laboral Área de Ciencias de la Salud VIU (actual).
• Investigadora postdoctoral en Trinity College of Dublin (2019-2021).
• Técnico Superior de Investigación en Universitat de València (2014-2019).

Líneas de Investigación: 

• Genética y biología molecular de levaduras
• Bioquímica, biología molecular e Inmunología humana

Publicaciones relevantes:  

Elena Woods, Adriana Mena, Sophie Sierpinska, Emily Carr, STTAR Bioresource, Richard Hagan, John Crowley, Colm Bergin, David Clark, Caroline Brophy, Derek Macallan, Clair M Gardiner, Reduced IFNL1 and/or IFNL2, but not IFNL3 is associated with worse outcome in patients with COVID-19, Clinical and Experimental Immunology, 2024.

Adriana Mena Romero; Marina Barba Aliaga; Vanesa Espinoza; Nadezda Apostolova; Mercedes Costell; Paula Alepuz. Hypusinated eIF5A is required for the translation of collagen. Journal of Cell Science. 134 - 18, pp.

José Enrique Pérez Ortín; Adriana Mena; Marina Barba Aliaga; Sebastián Chávez; Abhyudai Singh; José García Martinez. Cell volume homeostatically controls the rDNA repeat copy number and rRNA synthesis rate in yeast. Plos Genetics. 17 - 4, pp. e1009520. PLOS, 07/04/2021.

Adriana Mena Romero; Daniel Medina; Jose Garcia-Martinez; Victoria Begley; Abhyudai Singh; Sebastian Chavez; Mari C. Muñoz-Centeno; José E. Perez-Ortin. Asymmetric cell division requires specific mechanisms for adjusting global transcription.Nucleic Acid Research. 45 - 21, pp. 12401 - 12412. Oxford, 01/12/2017.

Sylvie Dequin; Eladio Barrio Esparducer; Jean-Luc Legras; Julie Guy; Arnaud Couloux; François-Xavier Sauvage; Frédéric Bigey; Adriana Mena Romero; Souhir Marsit; Virginie Galeote. Evolutionary Advantage Conferred by an Eukaryote-to-Eukaryote Gene Transfer Event in Wine Yeasts. Molecular Biology and Evolution. 32 - 7, pp. 1695

Otros méritos: 

Proyectos competitivos

-BFU2016-77728-C3-3-P: "Homeostasis molecular en el dogma central: recambio de mRNAs y proteínas y los mecanismos de comunicación cruzada entre ellos" Entidad de realización: Universitat de València (01/12/2016 - 01/12/2020).

-Prometeo II 2015/006: "Mecanismos moleculares y rutas participantes en la interconexión entre transcripción y degradación de mRNAs durante las respuestas al estrés en levaduras" (01/01/2015 - 31/12/2018)

-Análisis molecular de la adaptación de las levaduras del género Saccharomyces a procesos fermentativos. Entidad de realización: Instituto de Agroquímica y Tecnología de Alimentos Tipo de entidad: Agencia Estatal Ciudad entidad realización: Valencia, Comunidad Valenciana, España (01/09/2010 - 01/10/2014)

Estancias de investigación

-Entidad de realización: L’Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Tipo de entidad: Instituto Universitario de Investigación. Facultad, instituto, centro: Sciènce pour l'oenologie (SPO). Ciudad entidad realización: Montpellier, Languedoc-Roussillon, Francia Fecha de inicio-fin: 10/02/2014 - 10/03/2014 Duración: 1 mes. Objetivos de la estancia: Doctorado/a. Tareas contrastables: Caracterización de transportadores de glucosa y fructosa HXT de Saccharomyces cerevisiae mediante transporte radiactivo.

-Entidad de realización: L’Institut National de la Recherche Agronomique (INRA). Tipo de entidad: Instituto Universitario de Investigación Facultad, instituto, centro: Sciènce pour l'oenologie (SPO). Ciudad entidad realización: Montpellier, Languedoc-Roussillon, Francia Fecha de inicio-fin: 04/09/2013 - 13/12/2013 Duración: 3 meses - 2 días
Objetivos de la estancia: Doctorado/a Tareas contrastables: Caracterización de transportadores de glucosa y fructosa quiméricos (HXT) en Saccharomyces cerevisiae.

Categoría docente: Nivel IV: Doctor no acreditado según el VIII Convenio Colectivo Nacional de Universidades Privadas, Centros Universitarios Privados y Centros de Formación de Postgraduados.

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Nombre y Apellidos: Juan Francisco Vallalta Rueda

Asignaturas:

• Máster Universitario en Dirección Sanitaria y Gestión Clínica  
  -    Digitalización y Tratamiento de Datos en Gestión Sanitaria
  -    Herramientas de Información y Gestión Clínica
• Máster Universitario en Bioinformática: Programación en Python y R-
• Máster Universitario en Inteligencia Artificial: Algoritmos de Optimización

Titulación, institución y año de finalización:

• Máster en Inteligencia Artificial Avanzada y Aplicada. Universidad de Valencia. 2022.
• Licenciado en Ciencias Físicas. Universidad de Valencia. 1995

Experiencia Profesional:

• Responsable de Oficina de Inteligencia Artificial de Lãberit (2021-2023), 
• Responsable de Inteligencia Artificial de Urban Fisio (2020-2021), 
• Jefe de Proyecto de TIC en Salud del Alfatec (2019-2020), 
• Jefe de Proyecto de TIC en Salud de Dedalus (2015-2018), 
• Jefe de Proyecto de TIC en Salud de Indra (2008-2014).

Publicaciones relevantes:

• Application of machine learning with convolutional neural networks in the analysis of lumbar MR images for the detection of vertebral pathologies 

  Brain and Spine, 2023 | conference-abstract, Part of ISSN: 2772-5294, 

  DOI: 10.1016/j.bas.2023.102504

Líneas de Investigación: Machine learning en salud. Aplicación de las técnicas de inteligencia artificial en salud

Otros méritos:

• Proyectos competitivos: Medicina Personalizada Big Data (Servicio Canario de Salud y Conselleria Sanidad Universal y Salud Pública Comunidad Valenciana).

• Otras publicaciones: Secukinumab vs Ixekizumab: aplicación de índice de propensión para la comparación de dos estudios observacionales de serie de casos. Póster. Congreso AEDV Virtual Otoño 2020. 19/11/2020. Integration of Clinical Information through the Kewan Medical Station: experience in the Hospital Marina Alta and CE. Poster. Informed 2002. 20/11/2022. 

Categoría docente: Nivel V, según el VIII Convenio Colectivo Nacional de Universidades Privadas, Centros Universitarios Privados y Centros de Formación de Postgraduados.

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Nombre y Apellidos: Angela di Serio

Asignaturas del título:

• Estructuras de Computadores
• Compresión y Recuperación de Información Multimedia
• Introducción a Linux y Shell Scripting
• Programación con Python y R

Titulación, institución y año:

• Master of Science – University of Connecticut. Storrs, USA. 1994
• Ingeniero en Computación (Cum Laude) – Universidad Simón Bolívar. Caracas, Venezuela 1983

Experiencia Profesional

• Directora del Máster Universitario en Ciberseguridad. Universidad Internacional de Valencia (05/2026-actual).
• Personal Docente e Investigador. Universidad Internacional de Valencia (06/2021-actual).
• Coordinadora del Grado en Ingeniería Informática. Universidad Internacional de Valencia (09/2021-actual).
• Profesora Titular Jubilada. Departamento de Computación y Tecnología de la Información. Universidad Simón Bolívar. Caracas, Venezuela (1995-)
• Jefe del Departamento de Computación y Tecnología de la Información. Universidad Simón Bolívar. Caracas, Venezuela (09/2017 – 12/2018)
• Jefe del Laboratorio Docente de Computación. Universidad Simón Bolívar. Caracas, Venezuela (07/2015 – 09/2017).

Líneas de Investigación:

• Aplicación de Tecnologías Emergentes como la Realidad Aumentada, Realidad Virtual y Gamificación en educación y en la mejora cognitiva y motora en adultos mayores.

Publicaciones relevantes:

Impact of an Augmented Reality System on Students Motivation for a Visual Art Course. Angela Di Serio, María Blanca Ibáñez, Carlos Delgado-Kloos. Computers & Education. 68, 586-596. 2013.  

Gamification for engaging computer science students in learning activities: A case study. MB Ibáñez, A Di-Serio, C Delgado-Kloos. IEEE Transactions on Learning Technologies 7 (3), 291-301. 2014.  

Experimenting with electromagnetism using augmented reality: Impact on flow student experience and educational effectiveness Ibáñez, M. B., Di Serio, Á., Villarán, D., & Kloos, C. D. Computers & Education, 71, 1-13. 2014.

Support for augmented reality simulation systems: The effects of scaffolding on learning outcomes and behavior patterns.Ibáñez, M. B., Di-Serio, Á., Villarán-Molina, D., & Delgado-Kloos, C. IEEE Transactions on Learning Technologies, 9(1), 46-56. 2015.

Augmented reality-based simulators as discovery learning tools: An empirical study.Ibáñez, M. B., Di-Serio, Á., Villarán-Molina, D., & Delgado-Kloos, C. IEEE Transactions on Education, 58(3), 208-213. 2014.

Otros méritos 

Premios y Reconocimientos: 

• Premio a la Labor Docente AlumnUSB, 2018. Caracas, Venezuela.
• Investigación/sexenio 2012-2017

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Currículum Vitae

Nombre y Apellidos: Laura Gutiérrez Macías

Asignaturas:  

• Secuenciación Genómica y Análisis De Variantes Para Medicina Personalizada y De Precisión - Máster en Bioinformática

Titulación, institución y año de finalización:  

• Doctorado en Biomedicina y Biotecnología. Universitat de València. 2021
• Máster en Bioinformática. Universitat de València. 2016
• Grado en Biotecnología. Universidad de León. 2014

Experiencia Profesional:  

• Jefa de producto – Saphetor S.A. Enero 2025 - Presente
• Bioinformática - Saphetor S.A. Marzo 2021 – Diciembre 2024
• Investigadora predoctoral bioinformática - IATA – CSIC. Octubre 2016 – Marzo 2021
• Prácticas y tesis de fin de máster - IATA - CSIC Octubre 2015 – Octubre 2016

Líneas de Investigación: 

• Genética humana - diagnóstico molecular
• Genómica comparada de levaduras de interés biotecnológico

Publicaciones relevantes:  

Functional divergence in the proteins encoded by ARO80 from S. uvarum, S. kudriavzevii and S. cerevisiae explain differences in the aroma production during wine fermentation. Tapia et al., 2022. Microbial Biotechnology. https://doi.org/10.1111/1751-7915.14071.

Convergent adaptation of Saccharomyces uvarum to sulfite, an antimicrobial preservative widely used in human-driven fermentations. Macías et al., 2021. Plos Genetics. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1009872

A Multiphase Multiobjective Dynamic Genome-Scale Model Shows Different Redox Balancing among Yeast Species of the Saccharomyces Genus in Fermentation. Henriques et al., 2021. mSystems. https://doi.org/10.1128/mSystems.00260-21

Phenotypic and genomic differences among S. cerevisiae strains in nitrogen requirements during wine fermentations. Su et al., 2021. Food Microbiology. https://doi.org/10.1016/j.fm.2020.103685

GWideCodeML: A Python Package for Testing Evolutionary Hypotheses at the Genome-Wide Level. Macías et al., 2020. G3: GENES, GENOMES, GENETICS. https://doi.org/10.1534/g3.120.401874

Kluyveromyces osmophilus is not a synonym of Zygosaccharomyces mellis; reinstatement as Zygosaccharomyces osmophilus comb. nov. Matos et al., 2020. Internation Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology.  https://doi.org/10.1099/ijsem.0.004182

Comparative Genomics Between Saccharomyces kudriavzevii and S. cerevisiae Applied to Identify Mechanisms Involved in Adaptation. Macías et al., 2019. Frontiers in Genetics. https://doi.org/10.3389/fgene.2019.00187

Aneuploidy and Ethanol Tolerance in Saccharomyces cerevisiae. Morard et al., 2019. Frontiers in Genetics. https://doi.org/10.3389/fgene.2019.00082

Otros méritos: 

Estancias de investigación

Biological Research Center, Szeged (Hungría). Agosto – Octubre 2018

Categoría docente: Nivel IV según el VIII Convenio Colectivo Nacional de Universidades Privadas, Centros Universitarios Privados y Centros de Formación de Postgraduados

Currículum Vitae

Nombre y Apellidos: Dulcenombre de María del Saz Navarro

Asignaturas:  

• Sistemas Operativos Linux. Máster Universitario en Bioinformática.
• Programación con Python y R. Máster Universitario en Bioinformática

Titulación, institución y año de finalización:  

• Doctora en Bioinformática. Universidad Pablo de Olavide, 2025.
• Máster Universitario en Lógica, Computación e Inteligencia Artificial. Universidad de Sevilla, 2019.
• Máster Universitario en Biología Avanzada: Investigación y Aplicación. Universidad de Sevilla, 2017.
• Grado en Biología. Universidad de Sevilla, 2015 

Experiencia Profesional:  

• Técnico/a Superior de Apoyo a la Investigación en Bioinformática. Centro Andaluz de Biología del Desarrollo. Universidad Pablo de Olavide, España (febrero de 2019 - agosto de 2022).
• Técnico/a en Microbiología en el proyecto P10-AGR-5821. Facultad de Biología. Universidad de Sevilla, España (octubre de 2014 - julio de 2016).

Líneas de Investigación: 

• Redes de coexpresión génica para la identificación de Biomarcadores

Publicaciones relevantes:  

1.    Early origin and evolution of the FtsZ/tubulin protein family. Carlos Santana Molina, Dulcenombre de Mar ́ıa Del Saz-Navarro, Damien P. Devos. Frontiers in Microbiology. 2023 Jan 10;13:1100249. doi:10.3389/fmicb.2022.1100249. PMID: 36704558; PMCID: PMC9871819.
2.    CyEnGNet—App: A new Cytoscape app for the reconstruction of large co-expression networks using an ensemble approach. Dulcenombre de Mariadel Saz Navarro, Aurelio Lopez Fernández, Francisco Gómez Vela, Domingo Sabio Rodriguez Baena (2024). SoftwareX, 25, 101634. ISSN 2352-7110
3.    Computational ensemble gene co-expression networks for the analysis of cancer biomarkers. Julia Figueroa Mart ́ınez, Dulcenombre de María del Saz Navarro, Aurelio Lopez Fernádez, Domingo Sabio Rodríguez Baena, Francisco Gomez Vela (2024). Informatics, 11(2), 14. https://doi.org/10.3390/informatics11020014
4.    Optimized Python library for reconstruction of ensemble-based gene co-expression networks using multi-GPU. Aurelio Lopez Fernández, Francisco Gomez Vela, Dulcenombre de Maria del Saz Navarro, Fernando M. Delgado-Chaves, Domingo S. Rodr ́ıguez Baena. (2024). Journal of Supercomputing, 80, 18142–18176. https://doi.org/10.1007/s11227-024-06127-4
5.    Ferrelli ML, Pidre ML, Garc ́ıa-Dom ́ınguez R, Alberca LN, Del Saz-Navarro D, Santana-Molina C, Devos DP. Prokaryotic membrane coat-like proteins: An update. J Struct Biol. 2023 Sep;215(3):107987. doi: 10.1016/j.jsb.2023.107987. Epub 2023 Jun 19. PMID: 37343709.
6.    Lopez-Fernández, A., Gallejones-Eskubi, J., M. Saz-Navarro, D., A. Gómez-Vela, F. (2024). Breast Cancer Biomarker Analysis Using Gene Co-expression Networks. In: Rojas, I., Ortuno, F., Rojas, F., Herrera, L.J., Valenzuela, O. (eds) ̃Bioinformatics and Biomedical Engineering. IWBBIO 2024. Lecture Notes in Computer Science(), vol 14849. Springer, Cham. https://doi.org/10.1007/978-3-031-64636-2 9

Otros méritos: 

Otras publicaciones

• Patentes: del Saz Navarro, Dulcenombre de Maria; Lopez Fernández, Aurelio; Gómez Vela, Francisco; Rodriguez Baena, Domingo Sabio. CyEnGNet—App: A new Cytoscape app for the reconstruction of large co-expression networks using an ensemble approach. Derechos de autor. Depositado: 08-05-2024.